顾祝同是江苏涟水人，保定陆军军官学校第六期毕业生，1924年由粤军调入黄埔军校当战术教官。
顾祝同发迹，起始于第三师。1925年冬第二次东征后，粤军第六旅扩编为第三师，顾祝同调任参谋长。不久，第三师副师长沈应时病故，老蒋即升顾祝同任第三师副师长。
1926年北伐开始后，第三师归属何应钦东路军的战斗序列，打到福州之后，师长谭曙卿升任新编第一军军长，顾祝同升任第三师师长。北伐军占领南京后，第三师驻常州。1927年8月，孙传芳由江北反攻南京，第三师参加了战况激烈的龙潭战役，牺牲很大，立下战功。
龙潭战役之后，老蒋以黄埔学生军和教导团改编为第一军、第九军两个军，刘峙为第一军军长，顾祝同为第九军军长，均归何应钦指挥。
