关于歼-35是否配备侧弹舱，目前仍存在疑问。此前公开的歼-35出口型号未见侧弹舱，舰载版也仅有一个六边形口盖，尺寸似乎无法容纳格斗弹。然而，最近空军型歼-35模型的照片显示其机身侧面出现了类似歼-20但尺寸更小的侧弹舱舱门，且早期中航工业的宣传视频中也出现过类似画面，似乎暗示其内部可容纳两枚格斗弹。
此前有推测认为歼-35的侧弹舱可能有两种方案：一种类似歼-20，另一种类似发射井，即格斗弹斜插进机身侧面，舱盖仅覆盖出口，发射前打开，让导引头探出锁定目标，尾焰通过后方排放口排出。但歼-35的侧弹舱最终设计仍是个谜。
