观元年（627年）六月，尚书右仆射封伦病故，萧瑀被罢尚书左仆射之后，此位也一直空着。至此，尚书省二仆射之位皆虚，百官无首。太宗诏任萧瑀恢复尚书左仆射。这是萧瑀在贞观年间第二次出任当朝首相。 萧瑀严厉清正，不肯容人之短，不善处理人际关系。贞观元年十一月末，复出后来满五月就再度罢相。原因是唐俭出使突厥，萧瑀请他藏封家书给避难突厥的姐姐萧皇后。 唐俭走后，嫉恨萧瑀的人告发萧瑀私通书信于亡隋皇后。查明情况后，第三次出任宰相。 兵部尚书李靖带兵征讨突厥杀了突厥颉利可汗的妻子、隋室的义成公主。萧后感念她的恩情，悲痛不止。萧瑀上奏弹劾李靖。有人乘机进言，说萧瑀弹劾李靖不当。 贞观四年七月，太宗任命萧瑀为太子少傅，免去御史大夫，不再参议朝政，萧瑀第三次被罢相。
