新儒家唐君毅在《中国人文精神之发展》中说：
“与近代中国文化问题，及西方经济、政治、宗教之力量之传入，密切相关之大事件，一为太平天国之乱，一为义和团之变。如果要在中国史上找宗教战争，则此二者在一义上，亦可说是宗教战争。太平天国，可说是变相的基督教与儒教之战争。而义和团则是民间的道教与基督教之战争。
太平天国明是打着上帝的旗帜，而义和团之口号，亦是要排斥洋教，而打着中国道教诸神的旗帜。此中不能说莫有中西宗教思想的冲突的问题在内。因而亦可说为一宗教战争。如西方之宗教战争，其背景中亦兼有政治经济的原因，而不失其为宗教战争。此二次宗教战争，第一次中国之儒教胜了，第二次中国之道教败了，连整个中国亦败在西方国家之前。自此下去，西方教士之传教事业，更日益在下层社会，进行无阻。”
冯友兰在《中国哲学史新编》中说：
“中国所需要向西方学习的是西方的长处，并不是西方的缺点。洪秀全和太平天国所要学习而搬到中国来的是西方中世纪的神权政治，那正是西方的缺点。西方的近代化正是和这个缺点的斗争而生长出来的。
中国所需要的是西方的现代化，并不是西方中世纪的神权政治。洪秀全和太平天国如果统一了中国，那就要使中国倒退几个世纪，这是我对洪秀全和太平天国的评价。这个评价把洪秀全和太平天国贬低了，其自然的结果就是把太平天国的对立面曾国藩抬高了。曾国藩是不是把中国推向前进是可以讨论的，但他确实阻止了中国的倒退……曾国藩打败太平天国，成功阻止了中国的后退，他在这一方面抵抗了帝国主义的文化侵略，这是他的一个大贡献。”
