1998年7月6日，小鹰号离开圣迭戈，开赴远东执行一项全新的使命：替换“独立”号航空母舰，作为美国海军唯一的永久性前沿部署航空母舰入驻新母港日本横须贺。8月11日，小鹰号载着第5航空联队抵达横须贺，随即投入适应性部署训练。1999年3月2日，小鹰号驶离横须贺。开始了计划三个半月的海外部署。在参加完在关岛外海举行的“纵列突击”演习后，小鹰号及其第5航空联队奉命于4月3日急赴波斯湾，以增强伊拉克南部禁飞区的盟军力量。在这次116天的部署行动中，小鹰号的第5航空联队共出动飞机8800架次，其中对伊南部禁飞区出击1300架次，投弹20余吨。7月15日，小鹰号离开了波期湾，途中顺道访问了澳大利亚和泰国后于8月25日回到母港横须贺。10月22日小鹰号又驶往日本海，参加了美韩“雏鹰”军事演习和美日第11次年度海上演习。
