伊朗的神霍梅尼，虽然毁誉参半，但感情却非常专一。 一生只有一任妻子。1929年，他27岁的时候，迎娶了德黑兰一位教士的13岁女儿卡娣雅·萨基菲，两人婚姻持续六十年，直至霍梅尼1989年去世。卡娣雅·萨基菲于2009年逝世。 他们育有七名儿女，其中两名不幸夭折。他的女儿们大多嫁给了教士或巴扎商人，两个儿子投入宗教事业，长子穆斯塔法在与父亲流亡期间去世，次子艾哈迈德·霍梅尼成为父亲的得力助手，后也成为哈梅内伊的主要支持者，不过也在1995年因心脏病离世。 因为支持他的人和反对他的人发生了激烈的冲突。他葬礼的时候引起了骚乱。甚至他的棺椁也被推翻在地，裹尸布更是七零八落。
