顺治十八年，郑成功在厦门演武场检阅水师，忽见荷兰「海克托」号战船在外海逡巡。 他举千里镜远眺，笑谓诸将：「此等坚船利炮，可吓腐儒，难敌我中华儿郎！」遂以顺治十二年组建的「铁人军」为前锋，趁鹿耳门涨潮之机突入台江，围困热兰遮城十月。 荷兰总督揆一遣使求和，愿献十万两白银求退兵，郑成功拍案而起： 「台湾者，中国之土地也，久为贵国所踞，今余既来索，则地当归我！」 永历十五年十二月十三日（1662年2月1日），揆一献城投降。 郑成功在赤嵌城设承天府，颁布《屯田条例》，令将士「农隙则训以武事，有警则荷戈以战」，并规定垦荒与生态保护之策。 他亲率幕僚踏勘南北二路，见高山族同胞刀耕火种，遂遣汉民传授牛耕之法，每社配给耕牛、铁犁，三年间台湾开垦良田五万甲，岁入米粟三十万石。 永历十六年五月初八（1662年6月23日），郑成功临终前命人取《大明律》置于枕畔，对诸子曰：「吾生不能复中原，死当为厉鬼以击贼！」言讫，目光犹凝视北方，享年三十七岁（虚岁三十九）。 部将遵其遗愿，将灵柩暂厝台南洲仔尾，墓碑题「明赐姓延平郡王郑成功之墓」。康熙三十八年（1699年），清廷迁葬其灵柩于福建南安，康熙帝亲撰挽联：「四镇多贰心，两岛屯师，敢向东南争半壁；诸王无寸土，一隅抗志，方知海外有孤忠」——此联虽存争议，但仍勒石于台南延平郡王祠，道尽遗民心事。 景迁曰：当他在东宁府衙悬挂「礼乐衣冠第，文章孔孟家」楹联时，未必不知——在「天崩地解」的时代，偏安海隅的延平郡王藩属不过是华夏文明的最后方舟：当大陆尽陷腥膻，唯有此岛仍存汉官威仪，待后世子孙乘桴浮海，再续九州衣冠。 而其与李定国约师广东之役（顺治十二年），因舟师延误致新会之败，终成南明无法弥补之裂痕，此又非独英雄之憾，实乃天运使然。 今台南「开山王祭」仍循古礼遥祭大陆，正应了诗人丘逢甲「由秀才封王，主持半壁旧山河」之叹，斯为民族精神之不死矣。
