明代各省的巡抚，编制都是属于都察院的。 在京各部院衙门，都察院实力不俗，与六部并列为“七卿”，甚至说在实际运作中，都察院还可以与整个六部相抗衡。 都察院最厉害的地方，就是有一个无所不包的地方派出系统，这就是巡抚系统。 凡是各省政务、军务、财务，以及与此有关的一些特殊事务，如盐务、茶务、马政等，均有这个系统掌管。 明中期以后，巡抚虽然事实上已经成为地方一级行政机构，但在编制上仍属都察院御史们的“外差”。 无论巡抚的头衔是总督、总理，还是巡抚、抚治，或者是经略、巡视、提督、赞理等，其本职都是都察院职官，高一点为右都御史，低一点的为右副都御史、佥都御史等。 巡抚一般都属于“右”职，这样做的目的，既是为了使官名整齐划一，也为了强调督抚与都察院在编制上的隶属关系。 也就是说，无论督抚权力有多大，仍比都察院一把手左都御史差上一个等级。
