1940年，马占山被重庆任命为“黑龙江省主席”，这项任命让他哭笑不得，整个东北都在日寇的占领下，根本就是一个有名无实的职务，说白了，重庆只想利用他的名气，不愿意给实权。
日本投降以后，马占山又成为了香饽饽，成为重庆接收东北的“招牌人物”，被任命为东北行营政治委员会委员，不久再兼东北保安副司令长官，给晚辈一般的黄埔生杜聿明，当了副手。
马占山最初，确实是想回东北老家做点事，结果手头仅有的那点部队，在前往沈阳的路上，经过热河地区时，被解放军打得稀里哗啦，马占山直接病倒，在北平住了院，有点心灰意冷了。
期间病情好转，曾专程去沈阳看望故旧，受到各界热烈欢迎，获赠“民族英雄”锦旗一面。然而在马占山深入几个地方考察时，却发现当局的腐败，已经到了病入膏肓的程度，因此大失所望。
不久老蒋飞临沈阳视察，也曾召见马占山谈话，马占山对东北的局势提出很多意见，结果老蒋顾左右而言他，完全是在敷衍，在江湖上摸爬滚打许多年的马占山，至此对当局不抱幻想。
毕竟抗战初期，马占山是到过延安的，对两个团队的面貌和两个带头人，有了心中明确的比较，再加上失去了仅有的基本部队，以及身体实在不好，这三个因素叠加的结果，决定着他宁可做寓公了。
于是又回去北平闲居，一边治病，脱离了东北的战争漩涡，如果继续履职的话，到辽沈战役炮声响起，后果不堪设想，打不打？逃不逃？被俘了怎么办？所谓君子不立危墙之下，马占山是聪明的。
平津战役后期，马占山多次往见老朋友傅作义，是和平起义的坚定支持者，也是他提议，由邓宝珊出城，负责与解放军接洽谈判，为北平和平起义做出了较大贡献，这就好办了，解放以后必然入政协。
可惜肺病极重，1950年底便辞世了。
