魏公李密击败宇文化及后，自身元气大伤。士兵经历数次激战得不到赏赐，李密却厚待刚归顺的士兵，导致瓦岗军心涣散。唐朝武德元年（618年）九月，郑国公王世充率军偷袭瓦岗，魏公李密亲率精锐前往偃师（今河南省洛阳市偃师区）迎战，郑国公王世充于邙山大败魏公李密。因害怕翟让旧部报复，魏公李密选择投奔唐高祖李渊。秦琼等瓦岗将领被俘后，归顺郑国公王世充麾下，秦琼被任命为龙骧大将军。因厌恶王世充奸诈的为人，秦琼选择唐军与郑军于九曲（今河南宜阳）交战时，与程咬金、吴黑闼、牛进达等几十人脱离战场。秦琼临行前拜别王世充，感谢他的礼遇之恩，王世充因害怕秦琼的勇猛，没有派兵追击，随后秦琼等人归降李唐。加入唐朝后，高祖李渊安排秦琼前往秦王府任职，太宗李世民知道秦琼勇猛，对其十分尊重，后被任命为马军总管，跟随李世民前往长春宫镇守。
