中科院中科院分区在一定程度上引发了争议，部分科研人员对中科院分区存在不满，主要原因包括以下几点：一是分区标准不够合理，部分冷门学科期刊因引用量较低被降区，可能加剧“追热点”的科研倾向。一些知名综合期刊被列为二区，与一些不太知名的杂志并列，而一些新期刊可能因政策等因素被拔高分区。二是存在主观干预质疑，有学者质疑分区标准存在主观干预，比如人为拔高部分国内期刊，这削弱了其公信力。三是影响科研评价，由于高校和科研机构常将其作为科研评价的重要依据，科研人员被迫“适应规则”，而非专注研究本身，加剧了功利性科研。
不过，也不能忽视中科院分区的积极意义。它是我国科研评价体系自主化的重要尝试，有助于打破国际期刊评价体系的垄断，掌握科研评价的自主权。同时，它也是现阶段较为可行的量化工具，尤其适合非专业人士快速评估科研成果，且能有效遏制低质量期刊泛滥。
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黑白雄雌
荒唐！中科院尽漏