不仅孝惠皇后的神牌位次在背后发生过不同意见的争论，就是在孝惠皇后的系谥问题上也发生过插曲。
康熙帝的生母孝康皇后去世后就不系世祖庙谥，不带“章”字，也就是说不能称“孝康章皇后”，在陵寝，孝康皇后与不系谥的孝献皇后的神牌分别供奉在东暖阁和西暖阁内。到了康熙九年孝康皇后才系谥，称“孝康章皇后”。才将神牌从东暖阁移到中暖阁。
孝惠皇后去世后，康熙帝命大臣拟定谥号。大臣们按照康熙二年孝康皇后去世未系谥的先例，也未给孝惠皇后的谥号系谥，不称“章皇后”。康熙帝见了大臣拟的谥号后很生气，命这些大臣去太庙看孝端皇后和孝庄皇后的神牌。大臣们去太庙看完后，向康熙帝承认了错误，表示应该给孝惠皇后系谥。
吏部拟定将参与拟定谥号的五位大学士降三级调用。康熙帝降旨加恩从宽免降三级调动。
