1949年，梅贻琦不顾学生们的苦苦挽留，毅然南渡，临走前，他说道：“我若留在大陆，就保护不了清华基金了。”5年后，梅贻琦儿子梅祖彦独自回国。而梅贻琦则前往海峡对岸创办新竹清华大学。 他早在抗战结束北返之前就开始筹划学校的恢复工作。1946年秋，清华复员北平，校舍残破、设备损毁，师资流散，梅贻琦不等政府批文，便亲自带队回到校园。 他每天早上六点进校，巡视工地，修复图书馆、重建实验楼，一笔笔经费全靠他从美方争取回来。 那几年局势日趋复杂，有人劝他“稳一稳，别太出头”。但他坚持清华的独立性，不挂任何党派名义，不设任何政治团体。 教育部屡次派人试图“统一口径”，他却回话说：“大学不是行政机关，不归政治指挥。” 1947年，因通货膨胀严重，教授薪资缩水过半，部分青年教师提出离校，他带着账本亲自找人谈话，一户一户讲清楚困难。 有教授临时离职，他留下字条：校门永远为你开着。有人说他太迂腐，他只说：“大学之大，在于容人。” 他长期反对“大校长”治校，1920年代就主张设教授会集体议事，1935年“一二·九”学生运动爆发后，他坚持学校内部问题由师生自行解决，不许外人干预。 那年冬天，北京大雪，他顶着风雪进校，听学生代表陈述意见，一站两小时，未曾插话。 当年他三次推辞，最后说，既然曾受清华庚款培养，就当报效清华。 他任校长十七年，培养了数以百计的学术骨干，教授会、评议制度、院系设置，全部在他主持下逐步完善。 战争期间，他主持成立“清华服务社”，所得利润优先用于补贴全体联大教职工薪水。他说，不能让清华人饿着讲课。 他自己也吃粗饭、穿旧衣，清华后勤老工都记得他常常自掏腰包给工友添棉衣。 清华基金对他而言，不只是钱，更是中国人办学自主的象征。那笔基金源于美国归还的庚子赔款，经梁诚交涉所得，自1909年设立以来，一直用于派遣留美学生、采购资料、购置设备。 1948年起，美方告知基金只能由梅贻琦亲自管理，否则将中止划拨。 他权衡再三，决定离开。离开前，他让秘书把账目重新清理一遍，手工誊写入账本。 他去世那天，没有留下任何财产，只有那本账册，一身清名。正如他所言：“做教育的人，得有点干净的骨头。” 这骨头，是他一生都没弯下的。
