1952年，孙立人对新来的政治部主任蒋坚忍很反感，拒绝见面。张佛千劝说：“蒋坚忍是蒋介石的堂侄，又和蒋经国交好，这样干对你没有好处。” 此时的孙立人，担任“陆军总司令”兼“台湾防守司令”，又晋升为“陆军二级上将”，风头很盛，连胡宗南都比不过。孙立人对蒋经国的“政工系”插手部队事务很是不满，便让张佛千到“陆军总部”担任政治部主任。张佛千是报人出身，孙立人的安徽老乡，两人私交很好。 老蒋任用孙立人，本就是权宜之计，不能容忍“陆军总部”成了孙立人的一言堂，于是一纸调令，将张佛千调去 “设计委员会” 担任委员，所谓的 “设计委员会”，不过是个安置闲散人员的 “养老院”。 新任 “政治部主任”蒋坚忍，背景很是深厚，他是老蒋的堂侄，又是黄埔四期生，和蒋经国私交极好。显然，蒋坚忍是蒋氏父子派来制衡孙立人的一枚重要棋子。 孙立人很是不满，气冲冲的说：“这简直是明目张胆地往我这里插钉子，我绝不接受。” 当蒋坚忍到任后，孙立人拒不接见。由于孙立人是这种强硬态度，“陆军总部”的处长们，也不好和蒋坚忍走得太近，蒋坚忍到了十几天，连办公室都没有收拾好，车子也是没有。 张佛千得知孙立人的这种做法后，赶忙去劝说：““司令啊，你可知道这蒋坚忍是什么背景？他是奉化人，是蒋家那一脉的，和老蒋、小蒋的关系非同一般。你如今这样公然拒绝召见，这不是给自己找麻烦吗？” 孙立人听后，不为所动，在之后的工作中，和蒋坚忍闹得很不愉快，蒋氏父子对此的不满，可想而知。 1953年3月，黄杰带着滞留在越南的三万多残军及眷属返回台湾。黄杰是黄埔一期生，老蒋的亲信，在他到台湾两个月后，被晋升“陆军二级上将”，并担任台北卫戍总司令。 这时的老蒋，已对孙立人极为不满，决定扶持黄杰以行取代。1954年，黄杰出任“陆军总司令”兼“台湾防守司令”，孙立人被打发去担任上将“参军长”。 失去兵权的孙立人，成为待宰的羔羊。其实，对孙立人的调查，早在1950年就开始了。 当时在蒋经国、毛人凤的操控下，发生了将孙立人牵扯其中的“黄氏姐妹案”、“李鸿案”。 黄氏姐妹毕业于金陵女子大学，到台湾后参加了孙立人举办的女青年大队受训。受训结束后，姐姐黄珏任职防卫司令部卫生处处长，妹妹黄正经担任孙立人的英文秘书。 在蒋经国派人抓捕黄氏姐妹时，孙立人极力阻止，说黄氏姐妹的人事关系在“陆军总部”，应由本部军法处先审，如果真有问题，再移送才符合流程。但孙立人的坚持未能阻挡事态发展，黄氏姐妹等 5人以 “因过失泄露职务上所知悉之军事机密消息” 罪，被判处徒刑。 再看李鸿案，李鸿是黄埔军校五期生，曾担任新38师师长、新七军军长，是孙立人“新一军”系统的骨干。 长春解放时，城内的60军起义，新七军投诚。解放军尊重李鸿的请求，允许他回湖南老家。李鸿到长沙后，联系了部分原新一军的军官，返回了台湾。 李鸿到台后，受到老蒋的召见，说要让他担任新组建部队的军长。老蒋的口头承诺未及两个月，李鸿就以“共谍”的罪名被捕，开始了长达25年的囚禁生涯。 这两个案子，让老蒋对孙立人很是怀疑，但鉴于孙立人尚有利用价值，这才隐忍不发。 孙立人当了“参军长”后，他的老部下下郭廷亮深感不平，偷偷联络49师145团训练官王霖，说：“孙长官付出那么多，如今却被这般对待，那些人简直是忘恩负义。我们不能坐视不管，必须为孙长官讨回公道。” 郭廷亮计划在老蒋出行、阅兵的时候，制造机会向其陈情。同时，郭廷亮还在军中四处活动，试图以 “联名力保” 的方式，让孙立人出任 “参谋总长”。 郭廷亮想的太天真了，老蒋之前让孙立人当“陆军总司令”，都是捏着鼻子给的，怎么可能让他担任更为重要的“参谋总长”呢。 1955年2月，“陆军军官学校”少校教官孔惠农向蒋经国密报，说：“郭廷亮利用曾任第四军官训练班大队长的身份，和毕业军官联系，借口改善部队待遇，实则阴谋做乱，幕后主使就是孙立人。” 蒋经国城府极深，在得到这个消息后，并未马上动手，而是暗中部署人手，进一步调查。5月，蒋经国见到了“收网”的时候，下令动手抓人。 5月25日夜，军警们破门而入，将从睡梦中惊醒的郭廷亮抓捕。郭廷亮被捕后，遭受了严酷的刑讯，毛人凤亲自坐镇指挥，对他软硬兼施。 毛人凤先是摆出一副和善的面孔，劝说：“只要你承认自己是‘共谍’，说出孙立人的阴谋，我保证你和你的家人都平安无事。” 见郭廷亮不为所动，毛人凤立刻变脸，下令对他严刑拷打。 最后，在毛人凤保证“不会判处死刑”的承诺下，郭廷亮在认罪书上签字。蒋经国、毛人凤给老蒋上报郭廷亮一案时，是以“兵变未遂”来定性的。老蒋看后勃然大怒，下令由陈诚牵头，组织九人小组调查孙立人。 九人小组调查后，认为孙立人并未参与兵变，但在老蒋的强行插手、施压下，孙立人不得不“主动辞职”，陷入了长达33年的软禁。
