1596年10月下旬，腓力二世乘英国海防空虚之机派出第二支无敌舰队进攻英国。但是，这支船队在比斯开湾遭到秋季飓风的袭击损失惨重。剩余船只被迫回到费罗尔港。形势再次回到1588格瑞弗兰海战后的样子。而英国像那时一样，伊丽莎白和财政大臣威廉·塞西尔把消灭其残余视为头等大事。1597年夏，又一支英国远征队组成。然而远征指挥官们仍把获取利润作为首要目的，直接驶向亚速尔。这次远征失败后，伊丽莎白结束了官方参与的海上冒险活动。同时命令舰队今后不得离开本国沿海海域。针对新教徒使用私掠船攻击西班牙和葡萄牙的商船行为，西班牙君主通过敦刻尔克私掠船发起反击造成新教徒航运的惨重损失。
