在中世纪，服务于各国的大主教和主教经常因为种种原因，通常是政治需要，不经罗马教宗的许可就跨教区调任。英诺森三世对此采取强硬立场。这种行为威胁到他视为教会中教宗核心地位的根本原则。他经常引用教宗利奥一世提出的著名区分："权力完满"（plenitudo potestatis）属于教宗，而"牧职分担"（pars sollicitudinis）则界定大主教和主教的角色。未经教宗批准的主教调任威胁着这一区分。
当时，图尔大主教擅自将一位已当选阿夫朗什主教、并长期管理该教区的主教，未经宗座许可便以都主教权威将其调任至昂热教会并予以祝圣；而后鲁昂大主教又违反宗座谕令，解除其与该教会的关联并准许其转任。英诺森三世洞悉此事将损害唯宗座有权调动主教的神圣权威，遂同时暂停两位大主教对新主教的认可与祝圣权，并禁止该当选者行使主教职权。
基于相同理由，他还暂停了安条克宗主教的主教职权——因其胆敢未经宗座许可便将帕米埃当选主教调任的黎波里主教（从法国调到中东，调得真够远的[汗]）。但当二者谦卑承认过失并恳请宽恕时，教宗即刻予以赦免。
类似情形下，希尔德斯海姆主教康拉德（帝国宫廷尚书，一位尊贵富有、精明强干的权贵）亦遭绝罚。他轻率转任维尔茨堡教会，经劝诫仍拒绝改正，声称持有教宗塞莱斯廷三世特许其可接受更高圣职的诏书。然此特权不能免责，因维尔茨堡教会虽更富裕，地位却不高于希尔德斯海姆，且调任同级比晋升更逾越权限。经警告无效后，英诺森三世令其辞去两教区职务——根据教会法规定：转任更大教区者须放弃原职，以免因傲慢轻视或贪婪觊觎而双重辖制。最终教宗下令对其施以绝罚并通告全教省。
众叛亲离之下，康拉德屡次通过权贵斡旋、进献礼品求情未果，终认罪悔过。他先后在马格德堡与美因茨大主教及众诸侯前宣誓服从宗座，随后不畏艰险亲赴罗马，赤足裸项、腰系鞋带，以十字架姿态伏地痛哭请罪。教宗虽动恻隐，仍维持教会纪律：经枢机会议审议，令其依誓辞去两教区职务。主教虽困惑仍顺从，并献精美银器。教宗暂留礼品（防其绝望），却回赠更贵重的金杯（示其不可收买）。为缓和局势，他一方面命希尔德斯海姆依规自选新主教，一方面推迟维尔茨堡祝圣——正如其预见的，一年后该教区重新推举了这位悔过者。
这个例子表明，英诺森关于教宗权威角色的观点并未完全被主教们接受——因此他采取了一种不会疏远主教们的立场，允许维尔茨堡在其决定后的新选举中可能再次选择同一位候选人。
英诺森三世对萨尔茨堡大主教（原布雷萨诺内主教）未经许可擅自晋升都主教案作出类似裁决：废除其选举，命其返还原教区并撤销所有新履职行为。英诺森还罢免了戈里齐亚的当选主教，因为"他是自行任命的"。此人慑于前例，谦卑服从并在重新选举后亲赴宗座请罪。由此亲身体验了"约柜中既有惩戒的杖也有恩赐的玛纳"（民数记17:25）的真谛。对英诺森而言，法律是服务于教廷利益的政策工具。虽然这在13世纪初并非新创，但此前没有哪位教宗能如此始终如一地贯彻这一原则。
